Государственным заказчиком Программы является Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Северная Осетия - Алания, которое организует ее выполнение совместно с Управлением Федерального агентства кадастра объектов недвижимости по Республике Северная Осетия - Алания, Комитетом природных ресурсов по Республике Северная Осетия - Алания, Северо-Кавказским научно-исследовательским институтом горного и предгорного сельского хозяйства.
Организационное обеспечение Программы предусматривает реализацию намеченных мероприятий через районные органы местного самоуправления республики, соблюдение научно обоснованных систем земледелия в каждой зоне, осуществляемых через ландшафтное землеустройство, учитывающее особенности аграрной реформы.
Главным вопросом применения системы земледелия является обеспечение расширенного воспроизводства плодородия почв и высоких экономических показателей. Необходимо предусмотреть мероприятия по нейтрализации неблагоприятных воздействий на почву, комплекс мер по оптимизации внутрипочвенных процессов, способствующих повышению почвенного плодородия и продуктивности растений, продолжить совершенствование зональных научно обоснованных систем земледелия.
Провести уточнение существующих систем, а где они отсутствуют - проектирование и введение севооборотов, обеспечивающих защиту почв от эрозии и повышение плодородия почв.
Непосредственная реализация землепользователями и собственниками земли предусмотренных Программой мероприятий, направленных на сохранение и недопущение дальнейшего снижения, поддержание и повышение плодородия почв, осуществляется на основе утвержденных проектов землеустройства, применения средств химизации, содержащих мероприятия по рациональному использованию и охране земель, разрабатываемых проектно-изыскательскими организациями по землеустройству, агрохимической службы и других учреждений, имеющими соответствующие лицензии на проведение этих работ, по заказу Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Северная Осетия - Алания и его подразделений.
Координирующим органом выполнения программных мероприятий является созданный межведомственный консультативный совет по контролю реализации Государственной региональной программы "Сохранение и восстановление плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения и агроландшафтов Республики Северная Осетия - Алания на 2006-2010 годы".