1. Наблюдение, оценка и прогнозирование санитарно-эпидемиологической обстановки на территории Республики Саха (Якутия).
2. Осуществление предупреждения, выявления и пресечения нарушений требований санитарно-эпидемиологической безопасности и охраны здоровья населения, предупреждения возникновения и распространения массовых инфекционных и неинфекционных заболеваний и отравлений среди населения.
3. Организация и координация работ по проведению санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий в зонах чрезвычайных ситуаций силами ведомственных формирований постоянной готовности.
4. Организация и участие в проведении санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий по ликвидации антисанитарных последствий чрезвычайных ситуаций, формирование резервов санитарно-гигиенических и противоэпидемических средств.
5. Организация и осуществление оперативного контроля и измерений радиоактивного, химического и биологического загрязнения в зонах чрезвычайных ситуаций.
6. Подготовка специальных формирований лабораторной службы к действиям в чрезвычайных ситуациях.
7. Обеспечение постоянной готовности управления, сил и средств территориальной подсистемы, обобщение опыта и обеспечение дальнейшего развития территориальной подсистемы.
8. Участие в разработке и реализации ведомственных целевых программ в области надзора за санитарно-эпидемиологической обстановкой при выполнении задач по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций.
9. Наблюдение и контроль за состоянием среды обитания и обстановкой на объектах высокой гигиенической и эпидемиологической значимости и на прилегающих к ним территориях.
10. Разработка и выполнение программ, направленных на обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения.
11. Руководство за деятельностью специальных формирований службы в составе сети наблюдения лабораторного контроля РСЧС по надзору за санитарно-эпидемиологической обстановкой.