Руководство деятельностью Фонда осуществляется правлением и его постоянно действующим исполнительным органом - исполнительной дирекцией, возглавляемой исполнительным директором.
В состав правления входят:
1) три депутата окружной Думы;
2) четыре представителя органов исполнительной власти: заместитель Главы Администрации автономного округа; начальник Департамента социального развития и здравоохранения автономного округа; заместитель начальника Департамента социального развития и здравоохранения автономного округа; заместитель начальника Департамента финансов автономного округа;
{подпункт 2 пункта 2 раздела 5 в редакции Постановления Главы Администрации Агинского Бурятского автономного округа от 08.09.2006 года N 269}
3) один представитель отделения Центрального Банка по автономному округу;
4) один представитель страховой медицинской организации;
5) два представителя страхователей;
6) один представитель профессиональной медицинской ассоциации;
7) два представителя профсоюзов,
8) исполнительный директор Фонда.
Состав правления Фонда утверждается окружной Думой. Председатель избирается правлением.
Исполнительный директор Фонда назначается и освобождается Главой администрации округа по согласованию с правлением Фонда.