Реализация Программы осуществляется за счет средств республиканского бюджета и с привлечением средств местных бюджетов. Государственным заказчиком выступает Министерство образования, науки и молодежной политики Республики Алтай. Механизм реализации Программы в части научно-технического оснащения предусматривает проведение конкурсов на исполнение программных мероприятий.
Министерство образования, науки и молодежной политики Республики Алтай совместно с органами местного самоуправления отвечает за реализацию Программы в целом, обеспечивают выполнение программных мероприятий. Ежегодно на Коллегии Министерства образования, науки и молодежной политики Республики Алтай рассматривается ход реализации Программы. Корректировка Программы, в том числе включение в нее новых мероприятий, а также продление срока ее реализации осуществляется по предложению государственного заказчика Программы.