Основными задачами Счетной палаты являются:
1) оценка обоснованности доходных и расходных статей проектов областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов;
2) контроль за своевременным исполнением доходных и расходных статей областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов по объемам, структуре и целевому назначению;
3) организация и осуществление контроля за законностью, рациональностью и эффективностью использования средств областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов органами государственной власти области и организациями;
4) контроль за поступлением средств в областной бюджет от распоряжения и управления областной собственностью;
5) определение эффективности и целесообразности использования областной собственности;
6) финансовая экспертиза проектов областных законов, областных целевых программ, а также других нормативных правовых актов органов государственной власти области, предусматривающих расходы, покрываемые за счет средств областного бюджета, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов, или влияющих на их формирование и исполнение;
7) анализ выявленных отклонений от установленных показателей областного бюджета и подготовка предложений, направленных на их устранение, а также на совершенствование бюджетного процесса в целом;
8) проведение внешней проверки отчетов об исполнении областного бюджета, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов за отчетный финансовый год;
9) регулярное представление Магаданской областной Думе и губернатору Магаданской области аналитической информации о ходе исполнения областного бюджета и результатах проведенных контрольных и экспертно-аналитических мероприятий.