Счетная палата осуществляет следующие основные полномочия:
1) осуществление оперативного контроля за надлежащим исполнением областного бюджета;
2) проведение проверок и обследований по отдельным разделам и статьям областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов, а также за целевым и эффективным использованием организациями и учреждениями средств указанных бюджетов и областной собственности;
3) проведение проверок состояния финансирования и использования средств областного бюджета, выделенных на реализацию областных целевых программ;
4) проведение аудита эффективности использования средств областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов, областной собственности;
5) проведение проверок бюджетов муниципальных образований - получателей межбюджетных трансфертов из областного бюджета;
6) исследование и анализ нарушений и отклонений в процессе исполнения областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов, подготовку и внесение в Магаданскую областную Думу предложений по их устранению, а также по совершенствованию бюджетного законодательства;
7) подготовку и проведение экспертизы проектов законов Магаданской области об областном бюджете, бюджетах территориальных государственных внебюджетных фондов, областных бюджетных и внебюджетных фондов, иных проектов законов и нормативных правовых актов Магаданской области, затрагивающих вопросы использования средств указанных бюджетов, представление в Магаданскую областную Думу заключений по результатам экспертизы;
8) организацию и проведение внешней проверки годовых отчетов об исполнении областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов за прошедший финансовый год, представление заключений по проектам законов об исполнении указанных бюджетов в Магаданскую областную Думу;
9) подготовку и представление заключений и ответов на запросы Магаданской областной Думы, губернатора Магаданской области, Счетной палаты Российской Федерации;
10) обладает правом законодательной инициативы в Магаданской областной Думе по вопросам, находящимся в ее ведении.