1. Счетная палата строит свою деятельность самостоятельно на основе годовых и квартальных планов, которые формируются исходя из необходимости обеспечения всестороннего системного контроля за исполнением областного бюджета, бюджетов территориальных государственных внебюджетных фондов, бюджетов областных бюджетных и внебюджетных фондов с учетом всех видов и направлений деятельности Счетной палаты. Планы включают контрольные мероприятия и экспертно-аналитические работы с указанием сроков их проведения и ответственных исполнителей.
2. Обязательному включению в планы работы Счетной палаты подлежат поручения Магаданской областной Думы и губернатора Магаданской области.
3. Внеплановые контрольные мероприятия и экспертно-аналитические работы проводятся на основании постановления Магаданской областной Думы, обращения губернатора Магаданской области или по решению Коллегии, утвержденному председателем Счетной палаты.