Агинская гимназия была открыта на основании Постановления Главы администрации Агинского Бурятского автономного округа от 16 июля 1999 года за N 345 в целях реализации идеи формирования интеллектуального потенциала округа, развития личности с навыками исследовательского труда, высоким уровнем культуры, готового к освоению разнообразных образовательных программ профессионального образования.
С 2000 года обеспечена нормативно-правовая база деятельности Агинской гимназии. Окружным комитетом образования проведена процедура лицензирования, аттестации и аккредитации Агинской гимназии. Образовательное учреждение прошло государственную регистрацию, получены свидетельства на имущество (здание) и землю. Программа становления и развития Агинской гимназии на 2000-2003 г.г. реализована в полном объеме согласно утвержденному коллегией администрации округа от 27 марта 2000 года за N 107 плану действий. Вопрос о ходе выполнения Программы становления и развития Агинской гимназии был рассмотрен на заседании коллегии администрации Агинского Бурятского автономного округа 20 ноября 2002 года. Коллегия одобрила ход выполнения Программы и рекомендовала разработать Программу развития Агинской гимназии на 2004-2008 годы.
Таким образом, можно констатировать факт, что Агинская гимназия состоялась как окружное инновационное образовательное учреждение для одаренных детей.
К завершению I этапа становления и развития гимназии коллектив в составе 42 педагогических работников осуществляет общеобразовательную подготовку учащихся в 13 классах-комплектах численностью - 300 детей.