В случае использования субвенций не по целевому назначению соответствующие средства взыскиваются в республиканский бюджет Республики Алтай в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.
Контроль за целевым использованием субвенций осуществляют уполномоченный орган исполнительной власти Республики Алтай в сфере финансов и уполномоченный орган исполнительной власти Республики Алтай в сфере социальной защиты населения.