Комитет осуществляет следующие полномочия:
1. внесение Главе Республики Алтай, Председателю Правительства Республики Алтай и в Правительство Республики Алтай проектов конституционных законов Республики Алтай, законов Республики Алтай, актов Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай и Правительства Республики Алтай, других документов, по которым требуется решение Главы Республики Алтай, Председателя Правительства Республики Алтай или Правительства Республики Алтай, по вопросам, относящимся к компетенции Комитета и подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай;
2. обеспечение исполнения федерального и республиканского законодательства по вопросам, относящимся к установленной сфере деятельности;
3. обобщение практики применения законодательства Республики Алтай и проведение анализа реализации государственной политики Республики Алтай в установленной сфере деятельности, разработка на этой основе мер по совершенствованию своей деятельности;
4. проведение в установленном законодательством Российской Федерации порядке конкурсов и заключение государственных контрактов на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для нужд Комитета и подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай, а также на проведение научно-исследовательских работ для иных государственных нужд по вопросам, относящимся к компетенции Комитета;
5. осуществление функций главного распорядителя средств республиканского бюджета, предусмотренных на содержание Комитета, подведомственных учреждений и реализацию возложенных на него функций;
6. разработка и представление в Правительство Республики Алтай по его поручению предложений о приоритетных направлениях законопроектной деятельности Правительства Республики Алтай, а также проекты планов законопроектной деятельности Правительства Республики Алтай в установленной сфере деятельности;
7. внесение Главе Республики Алтай, Председателю Правительства Республики Алтай в соответствии с федеральным и республиканским законодательством предложений о заключении договоров и соглашений Республики Алтай, касающихся сферы деятельности Комитета;
8. внесение предложений в Правительство Республики Алтай и федеральным органам государственной власти о досрочном прекращении, приостановлении или ограничении прав пользования природными ресурсами, рекреационными территориями и объектами в связи с нарушением условий и требований по их использованию;
9. обобщение практики деятельности подведомственных Комитету государственных учреждений Республики Алтай, осуществление мер, направленных на ее совершенствование;
10. разработка на основании данных, представляемых подведомственными Комитету государственными учреждениями Республики Алтай, предложений по формированию проекта республиканского бюджета в части, касающейся финансирования подведомственных Комитету государственных учреждений Республики Алтай;
11. осуществление контроля за соответствием решений подведомственных Комитету государственных учреждений Республики Алтай федеральному и республиканскому законодательству;
12. организация и проведение проверки деятельности подведомственных Комитету государственных учреждений Республики Алтай;
13. подготовка и внесение не позднее марта месяца текущего года на рассмотрение Правительства Республики Алтай ежегодных докладов о деятельности Комитета и подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай за прошедший год;
14. организация и осуществление кадрового обеспечения Комитета, в том числе профессиональную подготовку, переподготовку, повышение квалификации и стажировку кадров; участие в кадровом обеспечении подведомственных ему государственных учреждений Республики Алтай;
15. организация и осуществление информационного и правового обеспечения подведомственных Комитету государственных учреждений Республики Алтай;
16. учреждение и ведение Красной книги Республики Алтай;
17. организация приема граждан, по вопросам деятельности Комитета, обеспечение своевременного и в полном объеме рассмотрения их устных и письменных обращений с уведомлением граждан о принятии решений в установленные законодательством сроки;
18. упорядочение деятельности природных парков Республики Алтай, зонирование их территорий, расчет экологической нагрузки и введение системы квотирования посещений особо охраняемых территорий, разработка и реализация программ по увеличению доходов;
19. осуществление Комитетом природных ресурсов, охраны окружающей среды и туризма Республики Алтай следующих полномочий в установленной сфере деятельности:
19.1. В сфере недропользования:
19.1.1. внесение в Правительство Республики Алтай в соответствии с законодательством Российской Федерации проектов законов и иных нормативно-правовых актов в сфере недропользования;
19.1.2. участие в разработке и реализации государственных программ геологического изучения недр, развития и освоения минерально-сырьевой базы Российской Федерации;
19.1.3. разработка и реализация территориальных программ развития и использования минерально-сырьевой базы;
19.1.4. создание и ведение территориальных фондов геологической информации, распоряжение информацией, полученной за счет средств бюджета Республики Алтай и соответствующих местных бюджетов;
19.1.5. участие в государственной экспертизе информации о разведанных запасах полезных ископаемых и иных свойствах недр, определяющих их ценность или опасность;
19.1.6. составление территориальных балансов запасов и кадастров месторождений и проявлений полезных ископаемых и учет участков недр, используемых для строительства подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых;
19.1.7. установление порядка пользования недрами в целях разработки месторождений общераспространенных полезных ископаемых, участками недр местного значения, а также строительства подземных сооружений местного значения;