Министерство с целью реализации полномочий в установленной сфере деятельности имеет право:
взаимодействовать в установленном порядке с Государственным Собранием - Эл Курултай Республики Алтай по вопросам законопроектной деятельности;
запрашивать и получать в установленном порядке у органов государственной власти Республики Алтай, органов местного самоуправления, территориальных органов федеральных органов исполнительной власти, государственных внебюджетных фондов, лечебно-профилактических учреждениях материалы, необходимые для координации деятельности в сфере здравоохранения;
привлекать в установленном порядке для проработки вопросов, отнесенных к сфере деятельности Министерства, научные и иные организации, ученых и специалистов;
создавать координационные и совещательные органы (советы, комиссии, группы, коллегии), в том числе межведомственные, в установленной сфере деятельности;
осуществлять контроль за рациональным, эффективным и целевым использованием бюджетных средств в сфере здравоохранения подведомственными лечебно-профилактическими, аптечными учреждениями.