Министерство возглавляет Министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Республики Алтай, Председателем Правительства Республики Алтай в порядке, установленном законодательством Российской Федерации и Республики Алтай.
Министр осуществляет общее руководство деятельностью Министерства на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Министерство функций.
Министр имеет заместителей, которых назначает на должность и освобождает от должности по письменному согласованию с Главой Республики Алтай, Председателем Правительства Республики Алтай.
В случае временного отсутствия Министра исполнение полномочий возлагается на одного из его заместителей.
Министр здравоохранения Республики Алтай:
вносит в установленном порядке на рассмотрение Правительства Республики Алтай проекты нормативных правовых актов по вопросам, входящим в компетенцию Министерства;
распределяет обязанности между своими заместителями;
в установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Министерства, а также руководителей подведомственных учреждений, заключает, изменяет, расторгает с ними трудовые договоры;
планирует деятельность Министерства;
является председателем коллегии Министерства здравоохранения Республики Алтай;
утверждает штатное расписание Министерства в пределах установленных Правительством Республики Алтай фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на содержание министерства в пределах утвержденных на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в республиканском бюджете;
вносит в Министерство финансов Республики Алтай предложения по финансированию Министерства и его подведомственных учреждений;
утверждает перспективные планы работы Министерства и подведомственных учреждений, а также отчеты об их исполнении;
утверждает уставы подведомственных Министерству учреждений и положения о структурных подразделениях Министерства;
утверждает сметы доходов и расходов на содержание подведомственных ему республиканских государственных учреждений в пределах ассигнований, предусмотренных в республиканском бюджете на соответствующий год;
в соответствии с законодательством Российской Федерации, Республики Алтай, в пределах своей компетенции издает приказы по вопросам, отнесенным к сфере деятельности Министерства, а также по вопросам организации внутренней работы Министерства.
В Министерстве образуется коллегия в составе Министра (председатель Коллегии) и его заместителей, а также других ответственных работников аппарата и подведомственных ему лечебно-профилактических учреждений и иных лиц.
Количество членов коллегии, ее состав и решения утверждаются приказом Министра.
Коллегия рассматривает вопросы развития здравоохранения, а также наиболее важные вопросы деятельности Министерства.
Финансирование расходов на содержание Министерства осуществляется за счет средств, предусмотренных в республиканском бюджете на очередной год.
Министерство является юридическим лицом, имеет печать с изображением герба Республики Алтай и со своим наименованием, иные печати, штампы и бланки установленного образца, а также счета.
Место нахождения Министерства здравоохранения Республики Алтай - Республика Алтай, г. Горно-Алтайск.
Полное наименование: Министерство здравоохранения Республики Алтай.
Сокращенное наименование: Минздрав Республики Алтай.