Имущество Министерства состоит из закрепленных за ним на праве оперативного управления основных и оборотных средств, отраженных в балансе.
Финансирование расходов на содержание аппарата Министерства осуществляется за счет средств, предусматриваемых в республиканском бюджете.
Централизованная бухгалтерия осуществляет обслуживание финансово-хозяйственных операций Министерства, а также следующих лечебно-профилактических учреждений:
- Государственное учреждение здравоохранения "Республиканский кожно-венерологический диспансер";
- Государственное учреждение здравоохранения "Горно-Алтайский республиканский эндокринологический диспансер";
- Государственное учреждение здравоохранения "Горно-Алтайский республиканский офтальмологический диспансер";
- Государственное учреждение здравоохранения "Республиканский врачебно-физкультурный диспансер";
- Государственное учреждение здравоохранения "Бюро судебно-медицинской экспертизы Республики Алтай";
- Государственное учреждение здравоохранения "Республиканский медицинский информационно-аналитический центр".
Бухгалтерский, статистический и налоговый учет и отчетность Министерство осуществляет в порядке, установленном законодательством Российской Федерации и Республики Алтай.