Основными функциями Управления являются:
3.1. Проведение проверок правомерности и эффективности использования средств областного бюджета, средств внебюджетного фонда ОЭЗ, средств от предпринимательской и иной, приносящей доход деятельности, полученных учреждениями, находящимися в ведении органов исполнительной власти Магаданской области, финансируемыми из областного бюджета на основе смет доходов и расходов.
3.2. Проведение в пределах своей компетенции документальных ревизий и тематических проверок:
3.2.1. Финансово-хозяйственной деятельности организаций областной собственности, финансируемых из областного бюджета.
3.2.2. Областных предприятий, в которых имеется доля областной собственности.
3.2.3. Органов местного самоуправления - получателей межбюджетных трансфертов из областного бюджета.
3.3. Осуществление контроля за целевым использованием денежных средств, выделенных из областного бюджета и внебюджетного фонда ОЭЗ органам исполнительной власти Магаданской области, органам местного самоуправления, учреждениям, предприятиям, общественным организациям в соответствии с распоряжениями губернатора области.
3.4. Осуществление контроля за исполнением областного бюджета.
3.5. Проведение проверок полноты и своевременности перечисления средств, полученных от предпринимательской и иной, приносящей доход деятельности; соответствие расходов, производимых за счет средств, полученных за счет предпринимательской и иной, приносящей доход деятельности, планируемому объему доходов на текущий финансовый год.
3.6. Осуществление контроля за реализацией приоритетных национальных проектов на территории области, федеральных, областных целевых программ.
3.7. Проведение по поручениям губернатора области проверок исполнения органами исполнительной власти Магаданской области, их должностными лицами, а также организациями и учреждениями области законов Магаданской области и нормативных правовых актов губернатора области, администрации Магаданской области.
3.8. Осуществление контроля за исполнением поручений губернатора области по результатам командировок губернатора области в муниципальные образования области.
3.9. Осуществление контроля за своевременным возвратом организациями-заемщиками средств областного бюджета, "золотого" кредита, средств внебюджетного фонда ОЭЗ и других заемных средств.
3.10. Представление губернатору области аналитической информации по исполнению федерального и областного законодательства, обзоров и докладов о контрольной деятельности и состоянии дел на проверяемых объектах.
3.11. Проведение систематического анализа итогов проверок, обобщение причин и последствий выявленных нарушений, разработка предложений по совершенствованию методов управления финансовыми и материальными ресурсами; по совершенствованию деятельности органов исполнительной власти области и представление их на рассмотрение губернатору области.
3.12. Взаимодействие по вопросам проверок с территориальными органами федеральных органов государственной власти, органами исполнительной власти Магаданской области, структурными подразделениями аппарата администрации области, органами местного самоуправления области, органами государственного и муниципального контроля.