Основными задачами Управления являются:
2.1. Обеспечение контроля за законностью, эффективностью и результативностью расходования средств областного бюджета и внебюджетного фонда социально-экономического развития Магаданской области в условиях деятельности Особой экономической зоны (далее - внебюджетный фонд ОЭЗ), средств от предпринимательской и иной, приносящей доход деятельности, полученных учреждениями, находящимися в ведении органов исполнительной власти Магаданской области, финансируемыми из областного бюджета на основе смет доходов и расходов.
2.2. Контроль за реализацией областных целевых программ, выполнением мероприятий, предусмотренных администрацией Магаданской области в целях реализации ежегодных посланий Президента Российской Федерации и приоритетных национальных проектов.
2.3. Анализ исполнения областного бюджета.
2.4. Выработка предложений по совершенствованию методов управления финансовыми и материальными ресурсами, совершенствованию деятельности органов исполнительной власти Магаданской области и представление их на рассмотрение губернатору области.