Администрации автономного округа имеет полномочия на:
1) согласование документации об организации особо охраняемых природных и лечебно-оздоровительных территорий федерального значения и определение их границ;
2) принятие решений об образовании особо охраняемых природных и лечебно-оздоровительных территорий окружного значения по представлению или по согласованию в соответствии с федеральным законодательством федеральными органами исполнительной власти в области охраны окружающей среды и органами местного самоуправления;
3) принятие решений об образовании охранных зон особо охраняемых природных и лечебно-оздоровительных территорий окружного значения;
4) согласование предложений об организации особо охраняемых природных и лечебно-оздоровительных территорий местного значения, их охранных зон и положений о них;
5) участие в подготовке проектов обоснования организации особо охраняемых природных и лечебно-оздоровительных территорий:
6) утверждение положений и определение границ особо охраняемых природных и лечебно-оздоровительных территорий окружного значения;
7) организацию государственного контроля за соблюдением режима особо охраняемых природных и лечебно-оздоровительных территорий, координация в этом направлении деятельности органов местного самоуправления;
8) государственный контроль и управление в области организации и функционирования особо охраняемых природных территорий окружного значения;
{пункт 8 статьи 4 в редакции Закона Агинского Бурятского автономного округа от 25.06.2007 года N 775-ЗАО}
9) решение иных вопросов в соответствии с законодательством.