Проблемы региональной системы образования вызваны рядом факторов, которые сдерживают ее развитие.
Темпы износа зданий существенно опережают темпы их реконструкции и нового строительства. Более одной трети зданий и сооружений образования требуют капитального ремонта или нового строительства.
Не все дети охвачены первым уровнем системы образования - дошкольным.
В округе не созданы достаточные условия для получения школьниками образования повышенного уровня, отсутствует система совместной деятельности учреждений начального, среднего и высшего профессионального образования и работодателей по профессиональному отбору учащихся и трудоустройству выпускников.
Увеличивается число детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей. Возрастает число детей с ограниченными возможностями здоровья и детей, нуждающихся в психолого-медико-педагогической коррекции.
За последние десять лет наблюдается тенденция ухудшения здоровья детей. Остается проблемой кадровое обеспечение образовательных учреждений вследствие низкого уровня оплаты труда, социального престижа профессии педагога и отсутствия надлежащих жилищных условий.
Сохраняется устойчивая тенденция старения педагогических кадров образовательных учреждений всех типов и видов и нежелание молодых специалистов пополнять ряды педагогов.
Вышеобозначенные проблемы являются основой определения целей и задач развития системы образования в Ненецком автономном округе.