Общая протяженность границ муниципального образования - 71.39 км. Границы муниципального образования Вилкинского сельсовета на разных участках совпадают с участками границ муниципальных образований: Фадюшинского, Кислянского, Карасинского сельсоветов, Каргапольского и Мишкинского районов.