В целях обеспечения комплексного подхода к решению вопросов борьбы с заболеваниями социального характера, медико-санитарными последствиями чрезвычайных ситуаций, а также для концентрации ресурсов здравоохранения на приоритетных направлениях в Программу включены такие подпрограммы, как "Сахарный диабет", "Вакцинопрофилактика", "Неотложные меры по борьбе с туберкулезом в Кабардино-Балкарской Республике", "О мерах по развитию онкологической помощи населению Кабардино-Балкарской Республики", "Безопасное материнство", "Здоровый ребенок", "О мерах по предупреждению распространения наркомании, токсикомании и алкоголизма", "Неотложные меры по предупреждению распространения в Кабардино-Балкарской Республике заболевания, вызываемого вирусом иммунодефицита человека (Анти-ВИЧ/СПИД) и других специфических заболеваний", "Профилактика и лечение артериальной гипертонии в Кабардино-Балкарской Республике", "Развитие трансфузионной помощи и обеспечение компонентами и препаратами крови лечебно-профилактических учреждений Кабардино-Балкарской Республики", "Совершенствование службы медицины катастроф".