Контроль за реализацией программы осуществляет государственный заказчик, который:
организует на основе представленных бизнес-планов проведение конкурсного отбора исполнителей мероприятий программы, которым оказывается государственная поддержка;
координирует работу исполнителей программных мероприятий и проектов;
определяет наиболее эффективные формы и процедуры организации работ по реализации программы;
проводит согласование объемов финансирования на очередной финансовый год и на весь период реализации программы;
утверждает распределение федеральных средств, выделяемых на безвозвратной основе, по соответствующим программным проектам, мероприятиям и расходным статьям. При изменении лимитов финансирования программы - предлагает перечень мероприятий на очередной год, определяет приоритеты, принимает меры по привлечению внебюджетных источников для финансирования программы;
контролирует эффективное использование выделяемых финансовых средств (в т.ч. аудит), контролирует качество проводимых мероприятий путем экспертных оценок, контролирует выполнение сроков реализации мероприятий, исполнение договоров и контрактов;
совместно со Счетной палатой Алтайского края обеспечивает контроль за целевым использованием выделяемых бюджетных средств;
осуществляет сбор периодической отчетности о ходе выполнения программных мероприятий.