Контроль за реализацией республиканских целевых программ осуществляет Правительство Республики Тыва. Участники реализации программы ежеквартально представляют государственным заказчикам, а те - в Министерство экономики Республики Тыва информацию о ходе реализации программы, в Министерство финансов Республики Тыва - отчет об использовании бюджетных средств на программные мероприятия.
Правительство Республики Тыва ежеквартально представляет Законодательной палате Великого Хурала Республики Тыва информацию о реализации всех республиканских программ.
Одновременно с отчетом об исполнении республиканского бюджета за отчетный финансовый год в Законодательную палату Великого Хурала Республики Тыва вносятся отчеты о выполнении республиканских целевых программ.
По окончании срока реализации республиканской целевой программы Правительство Республики Тыва может принять решение о продлении срока ее действия. Решение о продлении срока действия долгосрочной республиканской целевой программы подлежит последующему утверждению Законодательной палатой Великого Хурала Республики Тыва.
За неисполнение республиканской целевой программы по срокам реализации и по утвержденному объему финансирования исполнители несут ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации и Республики Тыва.