Правительство Республики Алтай через уполномоченные им органы исполнительной власти Республики Алтай осуществляет организационное, методическое руководство и контроль за исполнением возложенных на органы местного самоуправления отдельных государственных полномочий и использованием переданных на эти цели финансовых и материальных средств.
Уполномоченные органы исполнительной власти Республики Алтай в пределах своей компетенции имеют право издавать обязательные для исполнения нормативные правовые акты по вопросам осуществления органами местного самоуправления отдельных государственных полномочий и порядка их реализации, а также осуществлять контроль за их исполнением в форме проверок, а также ревизий финансово-хозяйственной деятельности исполнительных органов местного самоуправления в части расходования выделенных для реализации этих полномочий финансовых средств, заслушивания отчетов должностных лиц исполнительных органов местного самоуправления о результатах выполнения отдельных государственных полномочий.