Эффективное выполнение намеченных мероприятий по сохранению и восстановлению плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения на период до 2010 года определяется главным образом возможным использованием для этого комплекса организационно-хозяйственных, экономических и правовых механизмов. При этом обязательно учитываются интересы, экономические и материально-технические возможности сельхозтоваропроизводителей всех форм собственности, а также министерств и ведомств, участвующих в реализации Программы.
Земли, находящиеся в собственности Российской Федерации, Республики Хакасия и в пользовании сельхозтоваропроизводителей различных форм собственности, следует рассматривать как единый земельный комплекс в части обеспечения сохранения и восстановления плодородия почв. Управление им должно осуществляться органами исполнительной власти Республики Хакасия и органами местного самоуправления в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством Республики Хакасия.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Хакасия осуществляет реализацию Программы путём заключения договоров на поставку сельскохозяйственной техники, комплектующих, оказание услуг, выполнение работ и мероприятий по сохранению и восстановлению плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения. Отбор исполнителей производится на конкурсной основе в соответствии с действующим законодательством.
Руководитель и координатор работ по выполнению Программы - Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Хакасия. Оно ежегодно готовит бюджетную заявку для включения Программы в перечень республиканских целевых программ для финансирования в очередном финансовом году. С учётом хода выполнения Программы объёмы её финансирования из республиканского бюджета могут уточняться.
Координатор несёт ответственность за своевременное выполнение программных мероприятий и рациональное использование выделенных бюджетных средств.
По согласованию к участию в реализации Программы могут привлекаться территориальные органы федеральных органов исполнительной власти, органы исполнительной власти Республики Хакасия, другие учреждения и организации.