Управление и контроль за реализацией Программы осуществляются в соответствии с действующей нормативно-правовой базой.
Общий контроль за исполнением Программы осуществляет Государственный заказчик, который ежеквартально, до 25 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации Программы, состав исполнителей, запрашивает министерства и ведомства, ответственные за выполнение мероприятий, о ходе выполнения Программы.
Исполнители мероприятий могут создавать межведомственные группы, работу которых они организуют и контролируют, с представлением отчётов в установленные сроки.
По итогам реализации мероприятий Программы Государственный заказчик на основе полученных материалов ежегодно, до 1 февраля года, следующего за отчетным, проводит анализ выполнения и готовит обобщенный доклад о реализации Программы с заслушиванием на заседании Анти-наркотической комиссии в Республике Бурятия.
Ход и результаты выполнения мероприятий Программы по решению Президента - Председателя Правительства Республики Бурятия могут быть рассмотрены на заседаниях Правительства Республики Бурятия, Совета по безопасности при Президенте Республики Бурятия, с заслушиванием отчетов Государственного заказчика и исполнителей Программы