Научно-методическое обеспечение деятельности органов и учреждений системы профилактики безнадзорности и правонарушений несовершеннолетних в Республике Марий Эл осуществляется в рамках программ по профилактике безнадзорности и правонарушений несовершеннолетних научными организациями и организациями, осуществляющими образовательную деятельность, а также органами системы профилактики безнадзорности и правонарушений несовершеннолетних в Республике Марий Эл на основе анализа опыта работы с несовершеннолетними и их семьями.