Контроль за исполнением программы осуществляет Министерство финансов Республики Алтай, с участием Министерства экономического развития, торговли и предпринимательства Республики Алтай.
МВД Республики Алтай направляет в Министерство экономического развития, торговли и предпринимательства Республики Алтай информацию и отчет о реализации программы в порядке, установленном Правительством Республики Алтай.