Специально уполномоченный орган по горным территориям согласует свою работу с другими природоохранными органами, а также природопользователями, права и обязанности которых определены действующим законодательством. Специально уполномоченный орган по горным территориям строит свою работу во взаимодействии с органами местного самоуправления в соответствии с федеральным и республиканским законодательством о местном самоуправлении.