Государственный заказчик в соответствии с установленным порядком осуществляет управление выполнением Программы, обеспечивает необходимый научно-технический уровень ее основных мероприятий и контроль за их реализацией.
Осуществление работы в муниципальных образованиях планируется и реализуется через соответствующие органы местного самоуправления Республики Алтай.
Определение организаций и предприятий, ответственных за выполнение программных мероприятий, их документальное и техническое оснащение осуществляются на конкурсной основе. С учетом выделенных ресурсов на реализацию Программы государственный заказчик ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям.
Полномасштабное развертывание в районах республики работ по Программе планируется с 2006 года.
Государственный заказчик совместно с Российской Ассоциацией по сейсмостойкому строительству и защите от природных и техногенных воздействий осуществляет координацию и взаимодействие с исполнителями других аналогичных федеральных и региональных программ, проводит семинары и совещания по вопросам сейсмобезопасности с сотрудниками министерств, ведомств Республики Алтай (в частности с Министерством ГОЧС по Республике Алтай, Министерством экономического развития, торговли и предпринимательства Республики Алтай, Министерством здравоохранения Республики Алтай, Управлением федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Республике Алтай), органами местного самоуправления в Республике Алтай, заинтересованными юридическими лицами, организует рациональное использование межрегионального обмена по Программе.
Государственный заказчик ежеквартально представляет отчеты о выполнении Программы руководителю Единого аппарата Главы Республики Алтай и Правительства Республики Алтай, в Федеральную службу государственной статистики Российской Федерации, в Министерство финансов Республики Алтай.
Министерство финансов Республики Алтай при участии государственного заказчика организует экспертные проверки хода реализации Программы.