Управление Программой осуществляется Министерством сельского хозяйства Республики Алтай.
С учетом выделяемых на реализацию Программы средств ежегодно уточняются целевые показатели, объемы работ, организуется оформление бюджетных заявок и соответствующих договоров с поставщиками минеральных удобрений, других средств химизации, отрядами по обработке сельхозугодий от вредителей, болезней и сорняков.
Для осуществления контроля за выполнением мероприятий Программы Министерство сельского хозяйства Республики Алтай совместно с территориальным органом федерального органа исполнительной власти по статистике (по согласованию) обобщает и анализирует статистическую отчетность и в установленном порядке представляет информацию Министерству сельского хозяйства Российской Федерации, Министерству финансов Республики Алтай.