Для успешного проведения Программы в республике ведется разработка научных тем по вопросам повышения плодородия почв в различных зонах Республики Алтай, проводятся разработки систем плодородия по хозяйствам с учетом повышения плодородия земель сельскохозяйственного назначения.
Научные разработки по темам повышения плодородия земель сельскохозяйственного назначения в Республике Алтай проводятся Горно-Алтайским научно-исследовательским институтом сельского хозяйства Республики Алтай, филиалом Федерального государственного учреждения "Станция защиты растений Республики Алтай", филиалом Федерального государственного учреждения "Госкомиссия Российской Федерации" "Майминская станция по сортоиспытанию", филиалом Федерального государственного учреждения "Станция по химическому обслуживанию Горно-Алтайская", научно-исследовательскими институтами Алтайского края и Новосибирской области. На проведение работ по научно-исследовательским работам на территории Республики Алтай необходимо выделить на 2006-2010 годы 3 млн.рублей.