Государственное управление в области организации, использования и охраны государственных заповедников, в т. ч. биосферных, национальных природных парков и заказников республиканского значения осуществляется Советом Министров Республики Дагестан и специально уполномоченными на то государственными органами.
Государственное управление в области организации, использования и охраны иных особо охраняемых природных территорий осуществляется Советом Министров Республики Дагестан, местными Советами народных депутатов и специально уполномоченными на то государственными органами.
Государственный контроль в области охраны и использования особо охраняемых природных территорий осуществляется Государственным комитетом Республики Дагестан по экологии и природопользованию и его органами на местах.
Научно-методическое руководство системой особо охраняемых природных территорий осуществляется Российской Академией наук.