В области регулирования бюджетных правоотношений к ведению Правительства Республики Алтай относятся:
- разработка проекта республиканского бюджета на очередной финансовый год и отчета об исполнении республиканского бюджета, обеспечение исполнения республиканского бюджета, осуществление контроля за исполнением республиканского бюджета;
- представление для утверждения в Государственное Собрание - Эл Курултай Республики Алтай проекта закона о бюджете Территориального фонда обязательного медицинского страхования Республики Алтай и отчета об его исполнении, подготовленного органом управления указанного фонда;
- определение порядка установления и исполнения расходных обязательств субъекта Российской Федерации, подлежащих исполнению за счет субвенций из республиканского бюджета;
- подведение предварительных итогов социально-экономического развития Республики Алтай за истекший период;
- разработка прогноза социально-экономического развития Республики Алтай на очередной финансовый год с перечнем приоритетов и основных социально-экономических проблем, на решение которых будет направлена в предстоящем году деятельность органов государственной власти республики;
- подготовка обоснований по основным мероприятиям утвержденных республиканских целевых программ, предусмотренных к финансированию из республиканского бюджета на очередной финансовый год;
- осуществление государственных внутренних заимствований Республики Алтай и управление государственным долгом Республики Алтай;
- утверждение перечня главных распорядителей средств республиканского бюджета;
- принятие решения об эмиссии государственных ценных бумаг Республики Алтай;
- внесение в Государственное Собрание - Эл Курултай Республики Алтай предложений о выпуске, условиях и размещении республиканских ценных бумаг;
- внесение в Государственное Собрание - Эл Курултай Республики Алтай предложений по установлению региональных налогов и сборов, налоговых льгот и оснований для их использования налогоплательщиком, а также внесение изменений и дополнений в законодательные акты Республики Алтай о налогах и сборах, установление которых отнесено законодательством Российской Федерации к ведению субъектов Российской Федерации;
- внесение в Государственное Собрание - Эл Курултай Республики Алтай предложений по установлению нормативов отчислений доходов от налогов и сборов, иных доходов республиканского бюджета в местные бюджеты;
- представление в Государственное Собрание - Эл Курултай Республики Алтай информации об исполнении бюджета за первый квартал, первое полугодие и 9 месяцев текущего финансового года;
- определение порядка ведения реестра расходных обязательств Республики Алтай, а также представление реестров расходных обязательств муниципальных образований Республики Алтай;
- введение режима сокращения расходов республиканского бюджета при условии неполного финансирования расходов по сравнению с утвержденным бюджетом не более чем на 10 процентов годовых назначений;
- осуществление иных полномочий, определенных законодательством Российской Федерации;
- утверждение оснований, порядка предоставления местным бюджетам бюджетных кредитов, порядка их использования и возврата (абзац дополнительно включен с 18 июля 2006 года Законом Республики Алтай от 29 июня 2006 года N 46-РЗ).