Контроль над реализацией Программы осуществляется Главой Республики Коми, Государственным Советом Республики Коми, МВК, руководителями министерств и ведомств Республики Коми (по соответствующим направлениям Программы).
МВК осуществляет постоянный мониторинг выполнения мероприятий Программы и оперативно докладывает о ходе выполнения Программы Главе Республики Коми.
Кроме текущего и предварительного контроля за расходованием средств ФРРМФ, производимого Министерством финансов Республики Коми и Управлением федерального казначейства Министерства финансов Российской Федерации по Республике Коми, будет осуществляться последующий контроль Контрольно-счетной палатой Республики Коми.
Ежемесячно по итогам выполнения мероприятий Программы МВК представляет Главе Республики Коми отчет о выполнении мероприятий Программы, на основании которого Глава Республики Коми принимает решение о поощрении ответственных работников и исполнителей.
Методика стимулирования лучшей практики управления для поощрения ответственных работников и исполнителей, чья деятельность в процессе исполнения Программы принесла наибольший результат с точки зрения бюджетной экономической эффективности (включающая методы определения качества выполнения мероприятий Программы и бюджетного эффекта от их выполнения), разрабатывается МВК и утверждается Главой Республики Коми.
По результатам текущего контроля за ходом выполнения Программы в отношении наиболее активных и результативных ее исполнителей будут вноситься предложения о применении мер морального и материального стимулирования в рамках действующего законодательства, положений о премировании, действующих в органах исполнительной власти Республики Коми. К должностным лицам, не обеспечившим в установленные сроки исполнение предусмотренных Программой мероприятий или допустивших нецелевое расходование средств, выделенных на реализацию Программы, будут применяться адекватные меры дисциплинарного воздействия.