Граница муниципального образования "Село Ступино" начинается от точки пересечения границ муниципального образования "Ахтубинский район" и муниципального образования "Село Поды" в точке, расположенной на реке Волга в 3000 метрах южнее острова "Ступинский". Граница проходит по середине реки Волга в направлении на юг, пересекает ее и выходит на правый берег реки Волга севернее овцеводческой фермы "Холодная яма". Далее граница проходит в направлении на юго-запад на протяжении 1400 метров, на запад 1900 метров до оросительного канала орошаемого участка "Ступинский", далее на юго-запад вдоль этого канала на протяжении 4600 метров до водоподающего канала "Х-1", далее в направлении на юг граница проходит на протяжении 1200 метров вдоль западной границы орошаемого участка "Ступинский", далее в направлении на юго-запад 1700 метров по грунтовой дороге до автомобильной дороги Москва-Астрахань и пересекает её.
Далее граница проходит на протяжении 1000 метров вдоль автомобильной дороги Москва-Астрахань в южном направлении, далее в направлении на юго-запад по грунтовой дороге на протяжении 8600 метров до производственной точки "Трубчатый", далее в том же юго-западном направлении идет на протяжении 5400 метров, поворачивает на запад и проходит на протяжении 2000 метров до границы с муниципальным образованием "Вязовский сельсовет".
Далее граница проходит на протяжении 13000 метров в направлении на север-северо-восток до автомобильной дороги Москва-Астрахань, пересекает ее и в том же направлении проходит на протяжении 1400 метров. Затем граница проходит на протяжении 4300 метров в направлении на восток и 2300 метров в северном направлении по пойме до середине реки Старая Волга, далее по середине реки Старая Волга доходит до юго-западного конца острова "Ступинский", огибает его с северной стороны и далее идет по середине реки Волга в направлении на юг по административной границе муниципального образования "Ахтубинский район" до границы с муниципальным образованием "Село Поды".