По смежеству на юге с Ольхонским районом граница идет от смежества с Республикой Бурятия по вершинам Байкальского хребта до высоты "Голец Трехголовый", при этом вершина рек Киренга и Лена с их притоками остаются в Качугском районе, а все ручьи и реки, впадающие в оз. Байкал, - в Ольхонском районе. От высоты "Голец Трехголовый" граница проходит в северо-западном направлении по высотам водораздела рек Ср. Иликта и Сарма с их притоками до высоты в вершине притока р. Левая Иликта, р. Катун. Затем делает поворот в юго-западном направлении и проходит по вершинам водораздела рек Сарма и Унгура с их притоками, по вершинам рек правая и левая Иликта, Белета и Куйтун до высоты в вершине р. Марик-2, до смежества с Баяндаевским районом Усть-Ордынского Бурятского автономного округа.
Далее граница муниципального образования "Качугский район" проходит по границе Иркутской области с Усть-Ордынским Бурятским автономным округом.