Государственным заказчиком Подпрограммы является Министерство финансов Республики Алтай. Министерство финансов в установленном порядке разрабатывает и направляет сводную бюджетную заявку на финансирование мероприятий Подпрограммы за счет средств республиканского бюджета на очередной финансовый год, ежегодно организует подготовку доклада о ходе реализации Подпрограммы и представление его до 1 сентября в Правительство Республики Алтай, организует и проводит конкурс на определение участника Подпрограммы.
Общее управление Подпрограммой осуществляет Комиссия по реформированию бюджетного процесса в Республике Алтай, созданная в соответствии с распоряжением Правительства Республики Алтай от 15 ноября 2004 года N 414-р. В состав Комиссии входят руководитель государственного заказчика, руководители и специалисты органов исполнительной власти, вовлеченные в процесс реформирования бухгалтерского учета и отчетности в Республике Алтай, заинтересованные специалисты финансовой сферы органов местного самоуправления. Заседания Комиссии проводятся не реже, чем 1 раз в шесть месяцев.
Комиссия по реформированию бюджетного учета рассматривает материалы о ходе реализации мероприятий Подпрограммы, проводит проверку выполнения программных мероприятий, целевого и эффективного использования программных средств.
В рамках реализации программных мероприятий создается и работает постоянно действующая рабочая группа по реализации Подпрограммы, в состав которой включаются, по согласованию с государственным заказчиком, профильные специалисты бюджетных организаций. Рабочая группа ведет мониторинг реализации Подпрограммы и взаимодействует с заинтересованными республиканскими министерствами и ведомствами, органами местного самоуправления, бюджетными организациями, состоящими на республиканском и местном бюджетах. На уровне каждого из районных муниципальных образований создаются аналогичные районные рабочие группы.