Государственным органом регламентации семеноводства на территории Республики Алтай является Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай в соответствии со своими правами совместно с научно-исследовательскими учреждениями обосновывает и утверждает оптимальные для целей сортообновления и сортосмены объемы ежегодного производства и реализации оригинальных, элитных, репродукционных и гибридных семян сельскохозяйственных культур, на основании которых заключаются договоры о региональном заказе на данные семена.
Научное обеспечение семеноводства на территории Республики Алтай осуществляет Горно-Алтайский НИИ сельского хозяйства, другие научные учреждения и высшие учебные заведения.
В организации семеноводства репродукционных семян могут участвовать ассоциации семеноводов, а также другие коммерческие и некоммерческие организации.