Контроль за использованием средств Фонда помощи (субвенций) бюджетам муниципальных образований Корякского автономного округа на стадии предварительного и текущего осуществляют отделения федерального казначейства, а Контрольно-ревизионное управление Департамента финансов и налоговых сборов Администрации Корякского автономного округа на стадии последующего осуществляет контроль и проверки целевого использования средств Фонда помощи (субвенций) бюджетам муниципальных образований Корякского автономного округа, выделяемых муниципальным образованиям.