Организационное управление Программой осуществляется Министерством экономики и промышленности Республики Марий Эл.
Контроль за реализацией Программы осуществляется Министерством экономики и промышленности Республики Марий Эл, Министерством строительства, архитектуры и жилищно-коммунального хозяйства Республики Марий Эл.
Основные исполнители Программы ежегодно в срок до 1 мая представляют отчет о ходе выполнения Программы в Министерство экономики и промышленности Республики Марий Эл.
Министерство экономики и промышленности Республики Марий Эл осуществляет мониторинг и ежегодно в срок до 1 июня представляет в Правительство Республики Марий Эл информацию о ходе выполнения Программы.
Финансовый контроль осуществляется уполномоченными органами в соответствии с бюджетным законодательством.
Экономическая эффективность от реализации каждого конкретного мероприятия, предусмотренного Программой, определяется комплексом проведенных работ и оценивается при составлении технико-экономического обоснования проекта, которое предусмотрено механизмом реализации мероприятий. В результате реализации мероприятий будет создана финансовая, техническая и технологическая база для перехода теплоэнергетики республики из экономически убыточной сферы в современную отрасль народного хозяйства, способную выполнять свою главную цель - надежно обеспечивать население тепловой и электрической энергией требуемого качества.