Тайное голосование проводится с использованием бюллетеней как в кабине, так и вне ее, но с сохранением тайности голосования.
Для проведения тайного голосования счетная комиссия изготавливает бюллетени по установленной форме и в определенном количестве. Бюллетени для тайного голосования содержат необходимую информацию.
Форма бюллетеня для тайного голосования утверждается Государственным Собранием - Эл Курултай.
Каждому депутату Республики Алтай выдается один бюллетень по выборам избираемого органа или должностного лица, либо по принятию решения по вопросу, рассматриваемому сессией Государственного Собрания - Эл Курултай.
Бюллетени для тайного голосования выдаются депутатам членами счетной комиссии в соответствии со списком депутатов Республики Алтай и под роспись. При этом депутат вправе отказаться от получения бюллетеня, о чем делается отметка в списке.
Заполнение бюллетеней производится депутатом в кабине для тайного голосования путем зачеркивания в бюллетене фамилии кандидата, против которого он голосует, а в бюллетене по проекту решения (варианта решения) - слов "за" либо "против" возле вариантов предлагаемых решений.
При рассмотрении вопроса о доверии (недоверии) Правительству Республики Алтай или его отдельным членам, а также об освобождении от должности Председателя Государственного Собрания - Эл Курултай Республики Алтай путем выражения недоверия в бюллетень для тайного голосования включаются альтернативные варианты голосования: "выражаю доверие", "выражаю недоверие".
Недействительными считаются бюллетени, по которым невозможно установить волеизъявление голосующего, а также бюллетени неустановленной формы, а при избрании должностных лиц - бюллетени, в которых оставлены две и более кандидатуры на одну должность. Фамилии, внесенные в бюллетени дополнительно, при подсчете голосов не учитываются.
О результате тайного голосования счетная комиссия составляет протоколы, которые подписываются всеми ее членами. По докладу счетной комиссии сессия открытым голосованием принимает постановление об утверждении результатов тайного голосования.