Управление региональной системой образования в Республике Алтай строится на основе сочетания государственных (федеральных и республиканских), муниципальных и общественных начал при развитии самоуправления и автономности образовательных учреждений, а также физических и юридических лиц, занимающихся образовательной практикой на территории республики.