Текущее управление реализацией Программы осуществляет Главное управление сельского хозяйства Алтайского края, являющееся ее государственным заказчиком.
Главное управление сельского хозяйства Алтайского края обеспечивает согласованность действий исполнителей Программы, краевых заказчиков и органов местного самоуправления по подготовке к реализации программных мероприятий, целевому и эффективному использованию средств федерального бюджета, выполнению заключенных с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации соглашений о финансировании программных мероприятий за счет средств краевого, местных бюджетов и внебюджетных источников. Главное управление сельского хозяйства Алтайского края составляет и в установленном порядке представляет в Главное управление экономики и инвестиций Алтайского края бюджетную заявку на ассигнования из краевого бюджета для финансирования Программы на очередной финансовый год, подготавливает информационные справки и аналитические материалы по ее реализации.
В ходе выполнения Программы Главное управление сельского хозяйства Алтайского края осуществляет взаимодействие с органами исполнительной власти Алтайского края, краевыми заказчиками и ведомствами, курирующими строительство (реконструкцию) объектов социальной сферы и инженерной инфраструктуры, организациями, являющимися исполнителями и соисполнителями мероприятий отдельных разделов Программы. Контроль за целевым использованием средств, выделяемых на реализацию Программы, осуществляется государственным заказчиком Программы совместно с органами исполнительной власти Алтайского края и ведомствами, являющимися исполнителями программных мероприятий.
В соответствии с законодательством Российской Федерации Федеральная служба государственной статистики совместно с государственным заказчиком Программы организует ведение статистической отчетности по ее реализации, контролирует выполнение программных мероприятий, выявляет несоответствие результатов реализации и плановых показателей, устанавливает в случае необходимости причины невыполнения и определяет меры по их устранению.
Главное управление сельского хозяйства Алтайского края ежеквартально, до 25-го числа месяца, следующего за отчетным, направляет в Главное управление экономики и инвестиций Алтайского края информацию о ходе выполнения Программы по установленным формам.