Государственный заказчик программы - Министерство здравоохранения Российской Федерации. Ответственным за реализацию Программы является департамент здравоохранения администрации области.
Основными исполнителями Программы являются: департамент здравоохранения администрации области; департамент образования и науки администрации области; департамент строительства, архитектуры и градостроительства администрации области; управление исполнения наказаний Министерства юстиции Российской Федерации по Костромской области.
В соответствии с региональной целевой Программой во всех муниципальных образованиях области рекомендовано разработать аналогичные программы.
Департамент здравоохранения обеспечивает в ходе реализации Программы координацию деятельности основных исполнителей, контролирует целенаправленное и эффективное использование ассигнований и выполнение намеченных мероприятий, формирует совместно с основными исполнителями Программы бюджетную заявку и ежегодно представляет ее в департамент финансов администрации области, департамент по экономике и экономическим реформам для учета при формировании проектов годовых прогнозов экономического развития области и областного бюджета.