Ограничение полномочий, недостаток ресурсов для самостоятельного развития и возможностей эти ресурсы генерировать;
усиление тенденции старения трудоспособного населения и снижение доли трудоспособного населения;
дефицит трудовых ресурсов, в частности молодых специалистов технического профиля, несоответствие спроса и предложения трудовых ресурсов;
недостаточность инвестиций в человеческий капитал и городскую инфраструктуру;
деградация городской среды, ухудшение ее качественных и функциональных характеристик;
отсутствие согласованности, взаимопонимания субъектов агломерации в разработке и реализации стратегии развития агломерации и региона;
снижение спроса на продукцию и услуги предприятий;
рост уровня преступности и социальной напряженности, ухудшение экологической обстановки, в том числе в субъектах агломерации;
невосполнимость потерь в культурном наследии (разрушение объектов культурного наследия), реализация крупных проектов, меняющих виды исторического центра;
возникновение природных и техногенных катастроф;
сокращение зеленого фонда.