Текущее управление и контроль за реализацией Программы осуществляется Центром государственного санитарно-эпидемиологического надзора в Костромской области и департаментом здравоохранения администрации области.
Контроль ведется госсанэпидслужбой на основании государственной статистической отчетности в установленном порядке.