Пользование отдельными участками недр на территории Ненецкого автономного округа может быть ограничено или запрещено органами государственной власти Российской Федерации в сфере регулирования отношений недропользования, органами, предоставившими лицензию, в случаях, предусмотренных действующим законодательством о недрах.
Ограничения на пользование участками недр на территориях населенных пунктов, пригородных зон, объектов промышленности, транспорта и связи в случаях, если это пользование может создать угрозу жизни и здоровью людей, нанести ущерб хозяйственным объектам или окружающей среде, могут вводиться органами местного самоуправления в сфере регулирования отношений недропользования.
Пользование недрами на особо охраняемых территориях, расположенных в Ненецком автономном округе, производится в соответствии со статусом этих территорий.