Основными задачами Службы являются:
2.1. Разработка научно-методических принципов деятельности республиканской службы медицины катастроф.
2.2. Организация и осуществление медико-санитарного обеспечения при ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций, в том числе в локальных вооруженных конфликтах и террористических актах.
2.3. Координация и руководство силами и средствами, участвующими в ликвидации медико-санитарных последствий чрезвычайных ситуаций.
2.4. Обеспечение готовности органов управления, системы связи и оповещения формирований и учреждений Службы к действиям в чрезвычайных ситуациях.
2.5. Обеспечение постоянной готовности и эффективной работы подразделений экстренной и консультативной медицинской помощи населению (санитарной авиации).
2.6. Участие в подготовке и обеспечении готовности органов управления, лечебно-профилактических, санитарно-эпидемиологических и других учреждений Министерства здравоохранения Республики Саха (Якутия) к работе в чрезвычайных ситуациях.
2.7. Выявление источников чрезвычайных ситуаций, которые могут сопровождаться неблагоприятными медико-санитарными последствиями, организация постоянного медико-санитарного контроля за ними, проведение комплекса мероприятий по недопущению или уменьшению таких последствий.
2.8. Прогнозирование и оценка медико-санитарных последствий стихийных бедствий, аварий и катастроф.
2.9. Сбор, обработка, обмен и предоставление информации медико-санитарного характера в области защиты населения и территорий.
2.10. Разработка, внедрение и совершенствование методов и средств оказания экстренной и консультативной медицинской помощи населению.
2.11. Создание при участии заинтересованных министерств и ведомств системы управления республиканской службы медицины катастроф, поддержание её в постоянной готовности и совершенствование.
2.12. Разработка методических основ и участие в подготовке населения и спасателей к оказанию первой медицинской помощи при чрезвычайных ситуациях.
2.13. Координация и осуществление подготовки, повышения квалификации и аттестации специалистов службы медицины катастроф.
2.14. Разработка, внедрение методических основ медицинской экспертизы и реабилитации участников ликвидации чрезвычайных ситуаций.
2.15. Создание и рациональное использование резервов медицинского, санитарно-хозяйственного и специального имущества для службы, организация его хранения и обновления (освежения), оснащение им формирований и учреждений службы, обеспечение экстренных поставок лекарственных средств, для ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.
2.16. Участие в осуществлении государственной экспертизы, надзора и контроля в области защиты населения и территорий в условиях чрезвычайных ситуаций.
2.17. Участие в разработке и осуществлении мер по социальной защите населения, в проведении гуманитарных акций в области защиты от чрезвычайных ситуаций.
2.18. Создание и рациональное использование резервов финансовых и материально-технических ресурсов для обеспечения деятельности Службы.
2.19. Международное сотрудничество в области медицины катастроф.