Географические особенности республики обусловили развитие двух видов транспорта: автомобильного (90% всех видов перевозок) и авиационного. В республике отсутствует железнодорожный и речной транспорт. В настоящее время все пассажирские и грузовые перевозки осуществляются автомобильным транспортом.
Из 3396 км автомобильных дорог общего пользования 538,7 км - главная автомагистраль республики, дорога федерального значения "Новосибирск-Бийск-Ташанта" (Чуйский тракт). 85% от общей протяженности или 2871,6 км - дороги с твердым покрытием. Существующая сеть автомобильных дорог республики одна из самых малоразвитых в Западной Сибири. Плотность сети дорог с твердым покрытием составила 22 км на 1000 кв.км в 2002 году. Технический уровень существующих автодорог не соответствует современным, а тем более перспективным требованиям.
В перспективе развитие дорожной отрасли республики будет осуществляться в рамках Программы развития автомобильных дорог Республики Алтай на период до 2010 года "Дороги Горного Алтая XXI века", утвержденной постановлением Правительства Республики Алтай от 08.02.2001 N 32. Ожидается ежегодный ввод дорог с твердым покрытием в среднем по 50 км.
Продолжаются проектные и строительные работы на автомобильных дорогах, обеспечивающих выход на соседние регионы и государства (Кемеровская область и Казахстан). Первоочередность строительства этих направлений дорог определена в договорах и соглашениях по развитию взаимовыгодного, социально-экономического, культурного сотрудничества между Республикой Алтай и Администрацией Кемеровской области, Восточно-Казахстанской областью Казахстана.
Увеличивается число малотоннажного транспорта, находящегося в частной собственности, который используется для перевозки продуктов питания, промышленных товаров и бытовых нужд.