На протяжении всего периода 90-х годов бюджет Республики Алтай оставался дефицитным и сильно зависел от помощи со стороны федерального бюджета.
Основные показатели финансового состояния приведены в таблице 1.17. Обращает на себя внимание резкое увеличение прибыли предприятий после 1999 года, что объясняется влиянием эколого-экономического региона "Алтай", предоставляющего льготы по налогам. Проведенный по материалам Управления Министерства Российской Федерации по налогам и сборам по Республике Алтай анализ поступления налоговых платежей в федеральный и республиканский бюджеты показал, что на территории республики на 01.01.2000 состояло на учете 10580 юридических лиц, из них 4106 - участники ЭЭР "Алтай", что составляет 38,8 процента.
В связи с закрытием эколого-экономического региона "Алтай" и оттоком крупных налогоплательщиков поступление налогов и сборов за 2002 год в федеральный бюджет сократилось на 15%.