Главные ресурсы Алтая - это натуральные природные продукты. Республика располагает третьей частью всех гидроресурсов Западной Сибири (10 миллионов киловатт среднегодовой мощности).
Реки принадлежат к бассейну реки Катуни и Бии. Гидрографическая сеть насчитывает более 20 тысяч водотоков общей протяженностью более 60 тыс.км. Почвы горно-подзолистые, местами черноземные.
Леса занимают 47% территории. Из деревьев преобладают хвойные породы: лиственница и кедр. Климат резко континентальный, среднегодовая температура -7 градусов. Температуры зимой колеблются от - 35 до - 8 градусов, летом - от +5 до +25 градусов. Вегетационный период продолжается около 75-120 дней.
Территория республики обладает уникальным потенциалом для развития лесной и деревообрабатывающей промышленности. Общий объем запасов древесины составляет около 700 млн. м(3), из которого 500 млн.запасы хвойных пород. Расчетная лесосека составляет более 2 млн.. Возможно широкое развитие лесохимии, производства кедровой живицы, пихтового масла, особо ценных продуктов из хвои.
Растительные ресурсы республики насчитывают более 3 тыс.видов высших растений, из них 200 видов - растений-эндемиков, встречающихся только в горах Алтая. Разнообразие физико-географических условий определяет богатство промысловой фауны. В Республике Алтай имеется более 50 видов промысловых зверей и птиц, поэтому регион издавна считался и сегодня считается одним из лучших охотничьих регионов Западной Сибири.
Обширные территории горных пастбищных угодий, навыки и опыт местного населения наиболее полно отвечают развитию отгонного животноводства. В горных и предгорных районах возможно эффективное развитие табунного коневодства, овцеводства, скотоводства, пантового мараловодства и оленеводства.
Алтайские высокогорные луга по своему составу трав сродни альпийским и поэтому здесь производится признанный всем миром король сыров - "швейцарский". Алтайские сыры питательны, вкусны, ароматны, легко и быстро усваиваются организмом.
В Горном Алтае заготавливают панты маралов - уникальную продукцию, не имеющую по качеству аналогов в мире. Панты маралов и пятнистых оленей используются преимущественно для изготовления препаратов восточной медицины. Горный Алтай также известен такими уникальными продуктами как мумие, струя кабарги, медвежья желчь, золотой корень и другими. Также традиционной отраслью хозяйственной деятельности жителей республики является пчеловодство.
Горный Алтай - уникальный природный памятник, имеющий общечеловеческое значение. Природа Горного Алтая характеризуется исключительной красотой, богатством и разнообразием. Горные массивы, леса, многочисленные реки и озера, растительный и животный мир образуют уникальный природный комплекс. Регион признан одним из красивейших уголков планеты. Пять природных объектов Горного Алтая - территории Алтайского и Катунского заповедников, Телецкое озеро, массив горы Белуха и плоскогорье Укок - включены в список Всемирного Природного наследия ЮНЕСКО. Регион стал четвертым в России после Байкала, Камчатки и лесов Республики Коми, получившим этот престижный статус.
Минеральные ресурсы Республики Алтай разнообразны по количеству выявленных полезных ископаемых и значительны по разведанным запасам. Но сегодня минерально-сырьевой потенциал региона практически не используется. В настоящее время разрабатываются в незначительных объемах золоторудные и молибдено-вольфрамовое месторождения, залежи декоративного камня и строительных материалов. Из нерудных ископаемых следует отметить месторождения мрамора, слюды, гранита, асбеста, цветных глин, известняков, цветных поделочных камней, яшмы, хрусталя и др.
Разведаны и подготовлены к эксплуатации месторождения: Чаган-Узунское ртутное, уникальные по декоративности Ороктойское и Коскольское мраморов (по объему 2,5-3 млн.кубометров), Холзунское железорудное (с запасами 0,68 млрд.т), Пыжинское каменноугольное и Талды-Дюргунское буроугольное. Пыжинское месторождение находится в Турочакском районе, в 250 км от г.Бийска. На месторождении выявлено свыше 10 угольных пластов мощностью от 1,0 до 4,8 метров с теплотворной способностью 7.500 ккал на 1 кг. На Талдыдюргунском месторождении бурого угля, расположенном в 4 км от с.Чаган-Узун, разведаны 2 участка, пригодные для разработки открытым способом. Прогнозы запасов угля составляют 68 млн.тонн.
Разведано крупное месторождение золота (Синюхинское) с запасами до 20 т и два узла (бассейны рек Лебедь и Калычак) россыпной золотоносности с запасами около 2.2 т. Имеются обоснованные геологические предпосылки в обнаружении крупных коренных источников золота в бассейнах рек Лебедь, Ульмень, Чойка, Пыжа с прогнозными ресурсами в первые сотни тонн. Выявлено уникальное по запасам комплексное месторождение редкоземельных металлов (тантал, литий, рубидий, цезий, висмут). Оценены с различной детальностью несколько месторождений (кобальт, вольфрам, молибден, висмут, медь, серебро, золото, ртуть). В стадии изучения и освоения находятся месторождение гипса Падь Деликская и Лебедское волластонитовое. Выявлены залежи многих видов строительных материалов, ювелирно-поделочных камней.
Прироста запасов золота за период с 1991 года по 2000 год не было. Увеличение разведанных запасов золота возможно в связи с доизучением такими предприятиями, как рудник "Веселый" и прииск "Алтайский" своих месторождений (поисково-оценочная работа и эксплуатационная разведка Сиинского, Майского, Чуринского, Ашпанакского золотоносных узлов), но прирост запасов категорий С1 и С2 покрывает их добычу металла из недр только на 15-25%, т.е. идет медленная убыль запасов.
Стоимость суммарных запасов цветных металлов (серебра, золота, меди и др.) оценивается в 15 млрд. долларов.
Лечебный фонд Горного Алтая представлен комплексом климатических факторов, которые в сочетании с источниками минеральных вод и лечебными грязями создают благоприятные условия для формирования курортного комплекса. К кайнозойским разломам приурочены четыре группы термальных вод, на базе которых возможно расширение и развитие бальнеологических центров - курортов и санаториев местного, российского и международного значения.